手数料の支払はユーロ建で行う。すべての支払には、出願番号(判明していれば国内番号、国内番号が不明であれば国際番号)、出願人の氏名又は名称、支払手数料の種類を表示し、更に国内官庁参照番号2900082362が必須とされる。
支払はRahandusministeerium(財務省)の次の4つの口座のいずれかに行うことができる:
— SEB PankT: Tornimäe 2, 15010 Tallinn
口座番号: 10220034796011
IBAN: EE891010220034796011
SWIFTコード: EEUHEE2X
— Swedbank: Liivalaia 8, 15040 Tallinn
口座番号: 221023778606
IBAN: EE932200221023778606
SWIFTコード: HABAEE2X
— Luminor Bank: Liivalaia, 4510145 Tallinn
口座番号: 17001577198
IBAN: EE701700017001577198
SWIFTコード: RIKOEE22
— LHV Pank: Tartu mnt 2, 10145 Tallinn
口座番号: 771003813400
IBAN: EE777700771003813400
SWIFTコード: LHVBEE22
手数料は所定額の支払証明書類を国内官庁が受領した時点で支払が行われたものとみなされる。これらの支払方法はすべてのPCTの役割に関して適用される。